Fondée sous le Consulat à l'initiative de Napoléon Bonaparte par la loi du 28 pluviôse an VIII (17 février 1800), l'institution préfectorale s'inscrit dans une longue lignée de représentants du pouvoir central, dont une des principales préoccupations, au cours des siècles, fut de contribuer à bâtir et à pérenniser l'unité nationale.
Les feuilles de chêne et d'olivier brodées sur l'uniforme des préfets sont le symbole de la fonction préfectorale.
Le mot de préfet, qui vient du latin præfectus signifiant "mis à la tête" (gouverneur), fut choisi par le consul Lebrun en référence aux termes antiques évoquant la gloire de Rome et dont l'usage était alors à la mode. Les préfets romains dirigeaient ainsi les provinces conquises et assuraient la représentation du pouvoir impérial. Plus tard, au temps de l'Empire d'Occident de Charlemagne, l'institution des missi-dominici répondait à la nécessité d'assurer la cohésion du pouvoir face aux dynasties aristocratiques locales, enclines à échapper à l'autorité centrale. Sous l'Ancien Régime, les maîtres des requêtes puis les commissaires départis du Conseil du Roi, les intendants de justice, police, finances, relayés dans leur généralité par des subdélégués, représentaient le monarque et œuvraient à l'unification du royaume en réduisant les propensions autonomistes de la noblesse, des parlements et des assemblées provinciales. Dans la période révolutionnaire, l'évolution anarchique de l'administration appela la centralisation. Soumettant les pouvoirs locaux à la prééminence de l'Etat, les envoyés en mission de la Convention et les commissaires du Directoire, précèderont, dans cette tâche, préfets et sous-préfets qui constituèrent l'une des "masses de granit" sur lesquelles reposaient le Consulat puis l'Empire. Bonaparte salua d'ailleurs en ces termes la fondation de l'institution préfectorale : "Je veux que les Français datent leur bonheur de ce jour".
La fonction de représentation territoriale de l'Etat apparaît ainsi comme inhérente à l'organisation administrative française, révélant à cet égard l'un des traits de la culture politique nationale depuis la Révolution : l'attachement au principe d'égalité et une inclination centralisatrice. L'administration préfectorale sert également de modèle à l'étranger, notamment aux anciens pays colonisés et aujourd'hui aux pays d'Europe de l'Est.
Seul corps de l'Etat dont la mission est constitutionnellement définie (article 72), l'institution préfectorale est en charge des " intérêts nationaux, du contrôle administratif et du respect de lois". Dépositaire de l'autorité de l'Etat et gardien de l'intérêt public, l'institution préfectorale demeure, par son caractère interministériel, l'autorité publique territoriale ayant vocation à incarner la continuité du pouvoir central auprès des collectivités décentralisées. Aujourd'hui bicentenaire, ce "grand corps" de l'Etat a été confronté, au commencement de la réforme de décentralisation, à une période d'incertitude tenant à l'évolution de son rôle suite au bouleversements institutionnels, ainsi qu'au nouveau regard porté sur lui. La fonction préfectorale connaît cependant un nouvel essor grâce à la politique de déconcentration administrative engagée depuis lors, faisant du préfet l'unique interlocuteur étatique des autorités décentralisées.
Dérogatoire au statut général de la fonction publique, le statut personnel des membres du corps préfectoral en fait des fonctionnaires de haut rang, dont l'emploi est à la discrétion du gouvernement. Nommés par décret du président de la République en Conseil des ministres (article 13 de la Constitution) sur proposition du Premier ministre et du ministre de l'Intérieur, les préfets sont choisis de manière discrétionnaire parmi les sous-préfets et les administrateurs civils hors classe et au tour extérieur. Les sous-préfets sont quant à eux nommés par décret présidentiel parmi les administrateurs civils affectés au ministère de l'Intérieur ou les fonctionnaires des autres corps issus de l'Ecole nationale d'administration (ENA) ainsi qu'au "tour extérieur" (cadre national des préfectures, officiers, magistrats, commissaires de police, administrateurs territoriaux).