Salle de réunion du Conseil de l’UE à Bruxelles.
Dans le traité de Lisbonne, le Conseil européen est doté, comme le Parlement européen et la Commission, d'un président à plein temps. C’est donc la fin de la présidence semestrielle du Conseil européen.
Par contre, la plupart des formations du Conseil de l’Union relèvent toujours du système de la présidence semestrielle tournante, soulevant ainsi des interrogations sur son fonctionnement.
Jean-Luc Sauron, maître des requêtes au Conseil d’Etat et professeur associé à l’Université Paris IX-Dauphine, explique le nouveau dispositif dans un article consacré à "La présidence du Conseil de l’UE et sa réforme", paru dans la revue Regards sur l’actualité n° 340 (La Documentation française, mai 2008) :
« Avec le traité de Lisbonne, le Conseil européen devient une institution à part entière (article 13 du traité de l’Union européenne - TUE) qui adopte des décisions, peut voter et dont les actes sont susceptibles d'un contrôle par la Cour de justice. Il est doté, comme le Parlement européen et comme la Commission, d'un président à plein temps (il ne peut exercer de mandat national), élu à la majorité qualifiée par le Conseil européen pour deux ans et demi renouvelables une fois.
Le président du Conseil européen (article 15 § 5 et 6 du TUE) assure à son niveau et dans sa qualité la représentation extérieure de l'Union pour les matières relevant de la politique étrangère et de sécurité commune, sans préjudice des compétences du Haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité. Il préside et anime les travaux du Conseil européen, comme le fait actuellement le chef d'État ou de gouvernement qui assure la présidence semestrielle de l'Union. Il œuvre en faveur de la recherche du consensus entre les États membres et assure le dialogue avec les autres institutions : il est chargé de remettre le rapport du Conseil européen devant le Parlement européen après chacune de ses réunions. (…)
Le traité de Lisbonne mentionne directement deux formations du Conseil (article 16 § 6 du TUE) :
- le Conseil des affaires générales, qui "assure la cohérence des travaux des différentes formations du Conseil. Il prépare les réunions du Conseil européen et en assure le suivi en liaison avec le Président du Conseil européen et la Commission" ;
- le Conseil des affaires étrangères, présidé par le Haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité, qui "élabore l'action extérieure de l'Union selon les lignes stratégiques fixées par le Conseil européen et assure la cohérence de l'action de l'Union".
S'agissant des autres formations sectorielles du Conseil, elles doivent faire l'objet d'une décision adoptée par le Conseil européen à la majorité qualifiée (article 236 a) du traité sur le fonctionnement de l’Union européenne - TFUE).
Les règles relatives à l'exercice de la présidence des différentes formations du Conseil des ministres sont fixées par une décision du Conseil européen, adoptée à la majorité qualifiée (article 236 b) du TFUE) selon un système de rotation égale entre les États membres.
Le traité de Lisbonne (Déclaration n°3 "ad article 16 paragraphe 9, concernant la décision du Conseil européen relative à l'exercice de la présidence du Conseil") a prévu que des groupes prédéterminés de trois États membres assument la présidence pour une période de 18 mois. Ces groupes sont composés par rotation égale des États membres, en tenant compte de leur diversité et des équilibres géographiques au sein de l'Union. Chaque membre du groupe assure à tour de rôle la présidence de toutes les formations du Conseil (y compris la présidence du Conseil "affaires générales", avec l'assistance des autres membres du groupe, sur la base d'un programme commun).
Ainsi la présidence semestrielle qui est supprimée au niveau du Conseil européen est donc maintenue au niveau du Conseil des ministres (à l'exception du Conseil "affaires étrangères"). Toutefois la déclaration n°9 prévoit également que "les membres du groupe [de trois États] peuvent convenir entre eux d'autres arrangements" : par exemple celui de se répartir les conseils sectoriels et de faire assurer à l’un des trois États membres du groupe une présidence continue de 18 mois, par exemple du conseil des ministres de l’agriculture ».